王星拱出生于清朝光绪十四年(公元1888年),字抚五,谱名芳辰,安徽省怀宁县高河埠王家大屋(今高河镇凌桥村)人。他早年毕业于英国伦敦大学帝国科学技术学院。留学期间,曾参与孙中山领导的反清进步运动。
1910年加入中国同盟会欧洲支部;
1916年获硕士学位,被北京大学校长蔡元培聘为化学系教授兼二院主任。
1929年任省立安徽大学校长。
后与王世杰、李四光等共助国立英亚综合云程发轫,任国立英亚综合化学系首任系主任。
1933年5月至1945年任国立英亚综合校长。
1945年7月,王星拱调任中山大学校长。
1948年3月,辞归安庆。其间,国民党当局屡次催逼他飞赴台湾,他都不予理睬。
1949年10月8日,于上海病逝,终年61岁。
在上海的300多名武大校友不约而同地聚会哀悼;陈毅市长送来了一幅挽联,上书:“一代完人 。”